Родился 1 мая 1814 г. в немецкой колонии Усть-Золиха (Мессер) Камышинского уезда Саратовской губернии. Отец Э. И. Губера, Иоганн Самуил Губер, был пастором Усть-Золихинского прихода, духовным асессором, а с 1839 г. епископом Московской евангелическо-лютеранской консистории. С 4-х лет Эдуард Губер самостоятельно начал читать и писать. С 7 лет сочинял стихи, с 9 лет обучался у отца греческому и латинскому языкам. В 1824-1830 обучался в Саратовской 1-й мужской гимназии. По выходе из гимназии Э. И. Губер отправился в 1830 г. в Санкт-Петербург, где выдержал вступительные экзамены в университет и Институт корпуса инженеров путей сообщения, поступил в последний и в 1834 г. окончил его курс в чине прапорщика. По окончании института Э. И. Губер служил военным инженером.
Ещё во время учебы Э. И. Губер начал заниматься литературным творчеством. Ему покровительствовал В. А. Жуковский, которому он был рекомендован саратовской баронессой Гойм, знакомой со многими петербургскими поэтами. Литературная деятельность Э. И. Губера началась в 1831 г., когда он впервые опубликовал стихотворный перевод (из Ф. Шиллера) в журнале «Телескоп» (№ 17) и собственное стихотворение «Разочарование» в журнале «Северный Меркурий» (29 апреля). На поэтический талант Эдуарда Ивановича Губера значительное влияние оказал немецкий писатель И. И. Феллер (1756-1839), историк, масон, деятель лютеранской церкви в России. Э. И. Губер печатал стихи и критические статьи по литературе и философии в журналах «Телескоп», «Сын Отечества», «Библиотека для чтения», «Отечественные записки», «Современник», «Русский вестник», а также в «Литературной газете» и «Энциклопедическом лексиконе» А. А. Плюшара, где сблизился с Н. И. Гречем.
Начиная с 1838 г., Э. И. Губер стал сотрудничать в «Современнике», «Литературных прибавлениях к Русскому Инвалиду» и напечатал в сборнике П. В. Кукольника «Новогодник» первую главу своей поэмы «Антоний», имеющую автобиографический характер.
В 1839 г. Э. И. Губер оставил инженерную службу в чине капитана и определился гражданским чиновником в канцелярию графа П. А. Клейнмихеля. В следующем, 1840 году, он становится помощником редактора О. И. Сенковского в «Библиотеке для чтения» с обязательством вести отдел критики в этом журнале. В 1842 г. Э. И. Губер вышел в отставку и уехал из Петербурга в Орловскую губернию, к одному из своих приятелей, у которого пробыл все лето. По возвращении в Петербург, он вел жизнь светскую, рассеянную: посещал балы, маскарады, проводил ночи в кругу товарищей, что не могло не отразиться на его и без того слабом здоровье.
Собственные стихотворения Э. И. Губера, вышедшие в 1845 г. отдельной книгой (сборник «Стихотворения»), написаны в духе позднего романтизма и проникнуты меланхолией и грустью; они не открывают в авторе большого и оригинального таланта, но отводят ему все-таки известное место среди российских поэтов. Знакомство автора с немецкой философией отразилось в них некоторой рассудочностью.
В 1846 г. Э. И. Губер снова начал сотрудничать в «Библиотеке для чтения», потом писал фельетоны в «Санкт-Петербургских Ведомостях».
Главный литературный труд Э. И. Губера — первый полный перевод первой части «Фауста» И.В. Гёте. Перевод «Фауста» был сделан Э. И. Губером дважды. В то время, когда он в первый раз представил свой труд в цензуру (1835 г.), знаменитая трагедия была запрещена. Опечаленный переводчик, в досаде, изорвал рукопись, над которой трудился упорно в течение пяти лет. Узнав об этом А. С. Пушкин отправился к убитому горем поэту, с которым до того времени не был знаком и нигде не встречался, ободрил его своим теплым участием и убедительно просил вновь приняться за «Фауста». Тронутый вниманием великого пэта, Э. И. Губер вторично стал переводить трагедию. А. С. Пушкин оказал значительное воздействие на этот труд, помогал автору и лично редактировал некоторые страницы перевода. К сожалению, перевод этот был окончен тогда, когда А.С. Пушкина не стало. Перевод «Фауста» был издан в 1838 г. с предисловием и примечаниями Э. И. Губера. Чтобы выразить свое уважение и свою любовь к А. С. Пушкину, Э. И. Губер посвятил перевод памяти великого поэта.
Последним оригинальным стихотворением Э. И. Губера было «Ave Maria», написанное в конце марта 1847 г., а 11-го апреля поэт скончался. Тело его похоронено на Волковом кладбище в Санкт-Петербурге.
В 1860 г. в Санкт-Петербурге было издано собрание сочинений Э.И. Губера в трех томах со статьей о нём А. Г. Тихменева.
Ознакомиться с творчеством Эдуарда Губера